La Banque nationale étant une entreprise qui assume des missions d'intérêt public, le législateur l'a dotée d'organes particuliers.

Ces organes sont le gouverneur, le Comité de direction, le Conseil de régence, la Commission des sanctions et le Collège de résolution. À la Banque, l'Assemblée générale n'est pas un organe comme elle l'est dans une société anonyme ordinaire. 

• Le Gouverneur dirige la Banque. Il préside le Comité de direction, le Conseil de régence lorsqu’il procède à des échanges de vues sur les questions générales relatives à la Banque, à la politique monétaire et à la situation économique du pays et de l’Union européenne, à la politique de contrôle à l’égard de chacun des secteurs soumis au contrôle de la Banque, à l'évolution dans le domaine du contrôle sur les plans belge, européen et international, ainsi que, en général, à toute évolution concernant le système financier soumis au contrôle de la Banque. Il préside aussi le Collège de résolution. 
   
• Le Comité de direction, composé du Gouverneur et de cinq membres maximum nommés par le Roi, assure l'administration et la gestion de la Banque et détermine l'orientation de sa politique. 
   
• Le Conseil de régence est composé des membres du Comité de direction et de quatorze régents représentatifs du monde socio-économique belge. Le Conseil de régence est compétent pour approuver les comptes annuels et régler définitivement la répartition des bénéfices. Les 14 régents sont élus par l'Assemblée générale. Les candidats à la fonction de régent sont proposés par le Ministre des finances pour neuf d'entre eux et, pour les cinq autres, par les organisations les plus représentatives des travailleurs (2), de l'industrie et du commerce (1), de l'agriculture (1) et des classes moyennes (1).  

• L'Assemblée générale, qui représente l'universalité des actionnaires, est présidée par le Gouverneur. L'Assemblée générale ordinaire entend le rapport annuel et procède aux élections des régents et à la nomination des réviseurs d'entreprises. 
   
• Le Réviseur d'entreprises vérifie et certifie les comptes annuels de la Banque et fait rapport de cette mission au Conseil de régence.  Il exerce en outre une mission spécifique de contrôle et d'information vis-à-vis du Conseil d'entreprise et certifie les comptes annuels et diverses informations demandées par la Banque centrale européenne (BCE). 
   
• Enfin, un représentant du Ministre des Finances assiste de plein droit aux réunions du Conseil de régence. Il y a voix consultative. Sauf pour ce qui concerne les missions et opérations relevant du Système européen de banques centrales (SEBC), les missions de contrôle prudentiel et les missions de la Banque dans le cadre de la contribution à la stabilité du système financier, il surveille les opérations de la Banque et peut s'opposer à l'exécution d'une décision qui serait contraire à la loi, aux statuts ou aux intérêts de l'Etat.